Evrim konusunda homoloji fikrine sıkça başvuran eski ders kitaplarında, farklı hayvanların iskeletlerindeki ayakların yapısı üzerinde özellikle duruluyordu. Dolayısıyla bir insanın kolunda, bir kuşun kanatlarında ve bir yarasanın yüzgeçlerinde bulunan pentadactyl (beş parmaklı) yapı, bu canlıların ortak bir atadan geldiklerine delil sayılıyordu. Eğer bu değişik yapılar, mutasyonlar ve doğal seleksiyon tarafından zaman zaman modifiye edilmiş aynı gen-kompleksi tarafından yönetiliyor olsalardı, bu teorinin de bir anlamı olacaktı. Ama ne yazık ki durum böyle değildir. Homolog organların, farklı türlerde tamamen farklı genler tarafından yönetildiği artık bilinmektedir. Ortak bir atadan gelen benzer genler üzerine kurulmuş olan homoloji kavramı çökmüş durumdadır.

Fix, William, The Bone Peddlers: Selling Evolution (New York: Macmillan Publishing Co., 1984), s. 189