Carlo Alberto Cossano'nun Yaşamın ve Evrenin Kökeni 2.U.Konf da (21.05.2017-Ritz Carlton) “İnformatik Kayıtlar ve Protein Üretimi” Konulu Konuşması

Carlo Alberto Cossano'nun Yaşamın ve Evrenin Kökeni 2.U.Konf da (21.05.2017-Ritz Carlton) “İnformatik Kayıtlar ve Protein Üretimi” Konulu Konuşması

SUNUCU: Şimdi ben size panelistlerimi takdim edeyim. Öncelikle Dr. Carlos Alberto Cassano. Nedense bu İtalyanların isimleri inanılmaz güzel oluyor. Carlo Alberto Cassano, Sağlık İnformatik Projesi yöneticisi, klinik patoloji analiz laboratuvarları ve patolojik anatomi laboratuvarları bilgi sistemlerinde uzmanlığı var. İtalya'da Daedalus Healthcare Sistemi grubunda görev yapıyor. Dr. Carlos Alberto Cossano, informatik kayıtlar ve protein üretimi konusunda bize sunum yapacaklar.

CARLO ALBERTO COSSANO: İyi günler. Eğer çok teknik olursa özür diliyorum.

Dijital çağda yaşıyoruz. Bir şekilde bilgisayar programı, veri tabanı ya da yazılımların kontrol edip yönetmediği ya da geliştirmediği bir süreç bulmak oldukça zor.

Bu bağlamda bilgisayar, veri tabanı, sistem programcısı ya da operatörler meslek dilinde kayıt olarak adlandırılan işlemi sürekli kullanmak durumundalar.

Basit olarak anlatmak istersek, kayıt karmaşık, basit, kapsamlı ya da indirgenmiş, bir ya da daha fazla alan veya bölümde yapılandırılmış bir dizi bilgi değerlemesidir. Bir örnek vermek gerekirse, birçok kayıttan oluşturulmuş insanlar adı verilen bir kümede tek bir kayıt iki alan içerebilir. Alan ismi ve alan soyadı. Hatta bu alanlara cinsiyet ya da doğum tarih adları da denebilir, şeklinde çoğaltılabilir.

İçeriğinde değişiklik yaptığımız benzer bir kayıt eklediğimizde ise genelde yazılı bilgi kullanırız. Bu mevcut ya da potansiyel olarak var olan bilgiyi düzenlememizi sağlayan ve durum adı verilen basit bir bilgidir.

Diyelim ki bir bankanın arşiv veya veri tabanında açılmış her yeni hesap için bir kayıt girerken, kapanmış hesapların kaydını da tutmak istiyoruz. Bu amaçla hesapların açık ya da kapalı durumunu A ya da K harfleri ile tanımlayabiliriz. Kapalı ya da açık hesap sayısı konusunda geri bildirim alabilmek için arşive bakmak gerekirse.

Sadece kayıtta yukarıdaki alanı oluşturmak doğru anda doğru bilgi ile doldurmak ve bu bilgiyi sorgulama için bir çıktı ihtiyacı duyulduğunda hatırlamak yeterli olacaktır. İlk resimde gördüğünüz gibi. Burada benzer banka hesaplarıyla bir kayıt tablosu örneği görüyoruz. Burada hesap durumu sütunu görülüyor. Açık hesap ve kapalı hesap. Bilgisayar programlarının bilgi işlem yaklaşımında bu mantık ve değerlendirmeleri görmek bizim için gayet normal.

Konunun uzmanları tarafından on yıllar içinde yapılan iyileştirmeler ve entelektüel teknolojik gelişmeler sayesinde bilgi çağının en üst noktasına ulaşmış durumdayız. Yani burada gördüğümüz teknolojinin yıllar içinde ulaştığı en yüksek nokta. Ancak dünyadaki en zeki varlık olan insan tarafından on yıllardır geliştirilen bu sistemler ve üstün teknoloji henüz keşfedilememiş pek çok yönüyle insan vücudu ve diğer canlıları oluşturan hücrelerde zaten milyonlarca yıldır mevcut.Tüm bu sistemler dünyanın var olduğu ilk günden beri canlı hücrelerinde var ve günümüze kadar özelliklerini kaybetmeden gelmişler.

Bu durumda protein üretimi bir durum yönetimi gerektirir. Her canlı hücrelerden oluşur. Her hücrede protein veya protein ürünlerinden. Proteinler bazen basite indirgenerek tanımlandığı gibi madde değildir. Gerçi belli bir bakış açısıyla bakacak olursak her şey maddedir. Kullandığımız her şey maddedir. Örneğin internete girmek için kullandığımız bilgisayar maddedir. Çünkü madde atomlardan oluşur ve atomlar da maddenin yapı taşıdır.

Ne var ki proteinler daha çok elektro kimyasal mekanik mekanizmalardır. Canlıları oluşturan hücre ve dokuları oluşturur, bir araya getirir, düzene sokar, devam ettirir, yönetir ve dönüştürür. Hatta bu durum virüsler gibi organizmalar içinde geçerlidir.

Proteinlerin dikkat çekici bir çeşitliliğe sahip olması müthiş bir şey. İnsan vücudunda tahminen en az 25 bin farklı protein bulunmaktadır. Hepsinin kendi fonksiyonlarını yerine getirmek üzere amacı ve farklı özellikleri vardır.

Hücrede proteinleri hazırlayıp üreten nedir? Çok basit. Diğer proteinler kendileri de aynı şekilde üretilmişlerdir. Proteinleri bir benzetme yaparak anlatmak istersek şöyle bir örnek verebiliriz; Bir üretim hattında her bir farklı özelliklere sahip 25 bin ayrı ürünün seri üretimini yapmak istersek üretim akışını da yönetmemiz gerekir. Üretilmesi gereken ürünlerin miktarı ve çeşidi o kadar fazladır ki böyle bir fabrikadaki herhangi bir üretim sorunu üretim hattının durmasıyla birlikte para kaybına da neden olacaktır. İşte hücre ve canlı organizmalarındaki durum da budur. Üretim hattını kontrol altında tutmak, üretimin farklı aşamalarını yönetmek, her bir ürünün üretim aşamasında ürünün hangi noktada olduğunu bilmek durum yönetiminin gerekleridir. İşte bu durum yönetimidir.

Durum yönetimi ve bilgiye geliyoruz bu aşamada. Bir yazılım programı kayıtlardaki değişiklikleri kontrol edeceği zaman bir programcının bilgiye göstergesel olarak bir durum ataması ve söz konusu durumu yönetebilmesi için yazılımı yapılandırması gerekir. Elimizdeki programın araba üretiminin son aşamasını, örneğin boya aşamasını yönetmesini istiyorsak, belli işlemlerin yapılması gerekecektir. Örneğin, bazı optik sensörler arabayı boya havuzlarına girerken tanımalı. Farklı sensörler boyanan arabaları kurutan pervaneleri denetlemeli. Bir zamanlama aracı kurutma sürecini durdurmalı. Ağırlık sensörü boyanmış arabaları bir sonraki üretim aşamasına taşıyacak robotları harekete geçirilmedir. Bunlar aşamalardır. Burada bir örneğini gördüğümüz gibi bu aşamaları gösterir. Tüm bu aşamaların tek tek yönetilmesi gerekir. Yoksa her şey birbirine karışır.

Programın bu aşamadan geçen her arabayı takip etmesi isteniyorsa, veri tabanında boya aşaması gibi belirli bir alanı da oluşturabiliriz. Ki bu alanlara da isim atayabiliriz. Örneğin, bunlara A, B, C ve D harfleriyle gösterilen farklı dönüştürücülerden alınacak bilgiler kaydedilebilir. A durumuyla ilgili kayıtları diğer durumlarla ilgili kayıtlarla kıyaslayan basit bir fonksiyon sayesinde, gerçek zamanda hala kaç arabanın boyanması gerektiği, kaçının boyandığı ve kaç tanesinin bir sonraki aşamaya teslim edildiğini öğrenebiliriz. Eminim ki bu örnek sayesinde durum yönetimini anlayabilmişsinizdir. Gördüğünüz gibi pek çok aşaması var.

Harflere amaç ve anlam yükleyerek bu bağlamda kullanabiliyoruz. Her durumu bu şekilde çok güzel yönetebilirim. Üretim kalitesinin her yönü yani hız, kesinlik, istek akışındaki dalgalanmalar, personel, çevresel bağlam, ham madde tedariki bu şekilde kontrol edilebilir. Bu harfler kullanılarak ihtiyaç, proje ya da mekanizma yönetiliyorsa alınacak sonuç neredeyse sınırsızdır. Ne var ki bu potansiyeli tam anlamıyla kullanabilmek için akıllı ve yetkin bir kişi tarafından programda değişiklik yapılması şarttır. Golgi aygıtındaki kayıt durumunu ve RE'deki algı durumunu görmüş olduk.

Hücre farklı fonksiyonları yerine getiren pek çok bölümden oluşur ki bunlara organel denir. Bunlar arasında endoplazmatik retikulum ve Golgi aygıtı bulunmaktadır. Bu organeller protein üretimi ve hücre içindeki sevkten sorumludurlar. İki elektrokimyasal mekanik mucize diyebileceğimiz endoplazmatik retikulum ve Golgi aygıtı tarafından işlenip dağıtılan proteinler bunlar içerisinde keseler kullanarak oluşturulabilirler. Bu keseler diğer protein fonksiyonlarını kullanarak organel zarına yapışır ya da ayrılırlar. Bunu bir örnekle anlatmak istersek; Proteinleri bir montaj hattında üretilen arabalara benzetirsek endoplazmatik retikulum ve golgi aygıtını montaj hattı ve yapım aşamasında olan arabanın dolaşımı için kullanılan taşıyıcı robotlara benzetebiliriz. Tüm bu hazırlık, montaj ve dağıtım akışı nasıl kontrol altında tutulabilir peki? Bugün bir bilişim mühendisi araba üretiminin farklı aşamalarındaki durum yönetimini yazılım programıyla yönetmeyi önerecektir.

Bu noktada asıl inanılmaz olan şey şudur; On yıllar boyunca bu işin uzmanlarınca düşünülüp geliştirilen yeniliklerle ortaya çıkan bu çözümün hücrede zaten uygulanıyor olmasıdır. Oligosakkarit ve L glikanı adı verilen belli şeker kimyasal bileşikler proteinin belli bir anda geldiği aşama gibi durum hakkında kesin ve doğrudan bilgi sağlarlar. Bu durum tamamen kesin ve doğrudan bilgidir.

Proteinleri kayıtlara, şekerleri de kayıt durumunu gösteren bir alana benzetirsek bu konuyu daha iyi anlayabiliriz. Ve burada bakalım benzetmemiz doğru mu? Bu şeker zincirleri işlerini bitirip ayrılana kadar tüm aşamalara eşlik eden ve birer montaj elemanı gibi görev yapan katlanan proteinler için hazırlanır ve onlara bağlanır. Grafiğimizde bunu görebiliyoruz. En bağlantılı oligosakkalitler, harflerle gösterilen 14 şeker, glukoz, üçgenler, dokuz venöz daireler ve iki en asetil glukozamin. Küpler, kırmızı oklar belirli enzimlerin şeker bağlarını kestiği ve kaldırdığı alanları gösterir.

Oligosakkaritlerin bağlandığı protein üretimindeki farklı belirli aşamaların kayıt edilmesi içindir. Bu kimyasal yapılar montaj elemanı olarak kullanılmadan önce imal edilip yeni oluşan veya herhangi bir üretim aşamasında olan proteine bağlanması gerekir. Sadece oligasakkritin hazırlanması için 15 farklı protein işleme girer ki bunların hepsi belli zamanlarda koordine edilir ve şeker zincirinde belli işlevleri yerine getirmek üzere görev alır. Bu grafikte görebiliyorsunuz. Bu tamamen basite indirgenmiş bir şekildir. Oligosakkarit sentezini gösteriyor. Belirli enzimleri görebiliyorsunuz. Bu sadece hazırlanma aşamasıdır. Ve basite indirgenmiştir.

Bu iş sonuçlandığında, bu devasa sentez işi durum yönetim fonksiyonunu yerine getirir ki, bu biyolog ve biyokimyagerlerce gerçek bir kalite kontrol sistemi olarak tanımlanır. Hücre içerisinde IR ve Golgi aygıtı içerisinde yer alan bu fonksiyon teknik bir raporda şu şekilde anlatılır; Kalite kontrol sistemi bağımsız bir durumdan çok bir protein yapısını oluşturacak herhangi bir durumu ele almak üzere adapte olmuştur.

Dolayısıyla bağımsız yapılar oluşturmadan kalite kontrol işlemini yerine getiren pek çok senaryo ortaya çıkmaktadır. Bu nedenle her senaryoya göre üretimin kalitesini yönetip otomatik olarak hareket edecek oldukça karmaşık bir sistem ortaya çıkıyor. Bu, 20.000'den fazla farklı ürünü üretme kapasitesi sahip olağanüstü bir durumdur. Örneğin, bazı proteinler endoplazmatik retikulum içerisinde uygun şekilde katlanmak için oligosakkaritlere ihtiyaç duyar. Oligosakkaritler, salgılanan çeşitli protein yapılarına kararlılık bile getirir. Bununla da kalmaz, hazırlık ve nakil işlerini de yerine getirirler. Buna ilk olarak proteinler üzerinde kanca görevi yapan oligosakkritler bulunuyorsa hücrelerin yapışması kolaylaştırılır. Bu yapısal bir modifikasyondur. Gelişmeye başlayan proteine bağlı oligosakkritler üzerinde gerçekleştirilen iki yapısal modifikasyon örneğidir.

Kısacası her bir modifiye olmuş oligasakkarit hem kimyasal hem de yapısal ve göstergesel özelliklere sahiptir. Bu özellikler yeni oluşmaya başlayan protein üretim süreci için vazgeçilmiştir.

Şeker yapısı proteinin nakledilerek ilgili amino asit diziliminin özel parçasına bağlanır. Burada diğer proteinlerin bağlanmalarında engel ya da hızlandırıcı görevi görür. Bunlar lektin, homolog ve klineksin gibi sınıflandırma ve yönetim için kullanılan proteinlerde de kullanılır.

Ayrıca, araba boyama örneğine dönersek, araba geçişini izleyen transformatörlerin devre dışı kalmasıyla boyama süreci yarıda kalabilir. Son kalitede istenmeyen durumlar oluşabildiği gibi tüm süreçte yönetim sorunlarıyla karşılaşılabilir. Bu durumda satılamayacak mallar da ortaya çıkar. Aslında laboratuvar deneylerinde oligosakkarit parçalarının sentezinin engellendiği proteinler üretilmeye devam eder fakat uygun şekilde katlanmadıkları için fonksiyonlarını kaybederler. Endoplazmatik retikulum içerisinde birikir ve istikrarlı hallerini kaybederler. Kısacası artık satılabilir olmaktan çıkarlar.

Adaptasyon mu yoksa indirgenemez kompleksleşme mi? Yukarıda kalite kontrol sistemi anlatılırken bu tür sistemlerin canlı organizmalarda nasıl ortaya çıkmış olabileceğini gösteren bir terim kullanılmıştır. Bu terim adapte olma terimidir.

Evrim teorisine göre organizmalar çevresel değişimlere adapte olma, farklı bağlamlara göre daha uygun versiyonları seçme yeteneğine sahiptir. Ancak adaptasyon biyolojik yenilikler oluşturmaz. Bu karmaşıklık seviyesinde daha önce var olmayan hiçbir şeyin örnek oluşturan bir durumdan ya da farklı sistemlerden meydana geldiği deneysel olarak gözlemlenmemiştir. Burada eşzamanlı ve bölünmez fonksiyonları gerek duyan fonksiyonel kısıtlamalara sahip karmaşık biyolojik yenilikler söz konusudur. Akıllı tasarımcılar bu duruma indirgenemez karmaşıklık adını verir. Bilişimde olduğu gibi oligosakkaritlerin durum yönetiminde kullanılması sadece doğru şeker yapısının seçimle bağlanmaması gerekir ki, bu evrimsel görüşün iddiasıdır. Bu doğru şeker yapısı tüm geçişleri yönetmediği olduğu kadar söz konusu belirli durumu hazırlayan tüm sistemlerde de kullanılabilir. Ayrıca temsil edilen bilgiyi kullanan tüm makineler ve biyokimyasal tasarım içinde bu sorunludur.

Bildiğiniz gibi oligosakkaritler için 50 farklı protein gerekmektedir. Evrimin iddiasına göre adaptasyon aşama aşama ilerleyerek bilimin terminolojisiyle programın en etkili versiyonunu seçer. Ancak bu geçişlerde meydana gelmesi gereken evrimsel atlamaları mantıken ve deneysel olarak göstermek tam da bu durum nedeniyle zordur. Her bir varsayımsal adım için avantaj sağlayacak tam bir fonksiyon tanımlanmalıdır.

Oligosakkarit yapıya ve bunlara bağlı ve böyle bir sistemin gerisinde çalışan yüzlerce moleküler makinenin tüm özelliklerini elde edecek adımlarda belirlenmelidir. Her bir adımda sözde avantaj sağlaması gereken bu olasılıklar bütünü varsayımsal bir senaryoyu inanılmaz kılıyor. Bu süreçte geri planda kalan detayları incelemeye bile gerek kalmadan, evrimsel bir senaryonun imkansız olduğu ortaya çıkmaktadır.

Rastgele telefon tuşlarına basarak telefon numaranızı bulacağını söyleyen bir kişi size inandırıcı gelmez. Aynı şekilde dünyada hayatın bilimsel olarak ne zaman başladığını açıklayan evrimsel tezler de inandırıcı değildir. Böyle bir süreç gözlemlenemeden ve ispatlanmadan sadece bir sonuca ulaşmak için tek yol olarak gösterilmemelidir.

Bu yüzden günümüze kadar ulaşan canlı formlarında evrimsel merdivende işlev görebilen daha basit bir oligosakkaritin varlığından bahsedebilir miyiz? Bu konuyu yine benzetmemiz üzerinden açıklayalım.

Örneğin sadece arabaların giriş çıkışını teyit edecek bir kalite kontrol sistemi nasıl çalışır? Çalışmaz. Sonuç olarak oligosakkaritler sadece bir benzetme değildir. Gerçekten moleküler biyolojik durum yönetimi için birer şeydir.

İZLEYİCİ SORUSU: Merhabalar. Charles Darwin kadınları aşağı bir varlık olarak tanımlamaya çalışıyor. Bunu neye göre tanımlıyorlar? Charles Darwin kadınları aşağı bir şekil olarak tanımlıyorlar. Bunu neye dayandırarak tanımlıyorlar? Neden aşağı görüyorlar? Bunun açıklamasını istiyorum sizden. Teşekkürler.

CARLO ALBERTO COSSANO: İncil'de ve Kuran'da, her iki kutsal kitapta da insan figürü çok saygı duyulacak bir varlıktır. Bu konuda bir araştırma yaptım. Kuran hakkında bir araştırma yaptım. Arkadaşlarımla konuşuyordum. Sizin grubunuzdan arkadaşlarla konuşuyordum ve bana şunu anlattılar; Kuran'da bir sure tamamen kadınlarla ilgili ismi hanımlar (Nisa) ve bu da hanımların İslam'da ne kadar önemli olduğunu gösteriyor. Medyada İslam'ın kadınlara değer vermediği gibi çok yanlış bir düşünce var. Halbuki bu tamamen yanlış. Aynı durum İncil için de geçerli. İncil'de kadın son derece saygı duyulacak bir varlıktır. Kadının rolü çok önemlidir. Dolayısıyla Darwin'in bu yanlış teorisinin kadınlara karşı olması hiç de şaşırtıcı değil. Darwin'in yanlış teorisine göre hayatta kalmak, güçlünün hayatta kalması tek amaç. Dolayısıyla ondan böyle bir şey gelmesi hiç de şaşırtıcı değil. Ona göre zayıflar bir kenara atılmalı. Dolayısıyla bu tarz bir teori tabii ki kadınlara iyi bir yaklaşım içinde olmayacaktır, olmuyor da. Bu da aslında birlikte hareket etmemiz gereken ve karşı koymamız gereken başka bir alandır. Çünkü bu tamamen, çok yazık böyle bir kanı oluşturmaya çalışmalara. Bu çok yanlış bir sunum. Her iki kutsal kitapta kadınların saygıdeğer olduğunu vurgular, dolayısıyla Darwin tamamen hatalıdır.

İZLEYİCİ SORUSU: Sorum Mr. Cossano'ya. Siz bilişim teknolojisinden bahsettiniz, mühendisliğinden bahsettiniz, yazılımlarından bahsettiniz. Protein üretiminden bahsettiniz. Bunlar tabii ki çok kompleks mekanizmalar ve bunlar için bilgi gerekiyor, eğitim gerekiyor, bilinç gerekiyor. Siz telefon konuşmalarına göre bir benzetme yaptınız, arada bir bağlantı kurdunuz. Sizce evrimciler bu gerçeği nasıl göremiyor? Çünkü bir bilinç olması gerekiyor, bu bilginin oluşması için bir bilinç olması gerekiyor. Evrimciler bunu nasıl göremez?

CARLO ALBERTO COSSANO: Bu sabah peli argümanını dinledik. Peli argümanından bahsetti Dr. Rana. Bütüncül bir yaklaşım gerekiyor. Her şeyin en başından itibaren foksiyonel bir arada olması gerekiyor, hiçbir şey eksik olamaz insan vücudunda. Yazılımlarda böyle. Yazılımlarda hiçbir şey eksik olamaz, her şey bir arada olmalı, her şey eksiksiz olmalı. Ayrıca önceden düşünmeniz lazım. Bir hedefiniz olması lazım, sonra bir bilginiz olması lazım. Bu bilgiyi kullanarak, bu yeteneğinizi kullanarak bir şey, bir yazılım meydana getirebilirsiniz. Bu şekilde ürettiğiniz şeyi yönetebilirsiniz. Hücre de aynı şekilde işler. Ben biyolojiyi biliyorum. Öncelikle biyolojinin sadece kimya ve biyokimya olduğunu düşünüyordum ama sonradan şunu gördüm; Biyolojiyi anladıktan sonra şunu anladım ki: Biyoloji bilgiyle ilgili. Bilgi olmadan biyolojiyi anlayamazsınız. Bu benim düşüncem çünkü canlılar tamamen bilgiyle alakalıdır, bilgiye dayalıdır. Biyoloji tamamen saf bilgiye dayalıdır.

Dolayısıyla eğer bilgi koymazsanız, bilgi olmazsa biyoloji de olmaz. İşte bu nedenle hiçbir şey tesadüfen olamaz. Çünkü bilgi gerekir, bilinç gerekir. Hücre ise son derece komplekstir. Şu anda dünyada olan en kompleks şey hücredir. Uzay teknolojileri, uzay gemileri kesinlikle hücrenin kompleksliği ile karşılaştırılamaz. Hücre çok daha teknolojiktir, çok daha komplekstir. Dolayısıyla Allah'ın varlığı çok çok açıktır, hiçbir şükür yok.

İZLEYİCİ SORUSU: Ben de Mr. Cassano'ya soru sormak istiyorum. Bazıları din ve bilimin çatıştığını söylüyor. Siz bu konuda ne diyeceksiniz?

CARLO ALBERTO COSSANO: Bu da bir yalan. Çünkü Bayan Ece ile konuşuyorduk. Bazı evrimciler bilimin materyalist olması gerektiğini ve sınırları olması gerektiğini söylüyorlar ama bu yanlış. Çünkü biz sadece madde değiliz, biz sadece atomlar değiliz, biz bunlardan fazlasıyız. Dolayısıyla bilim ancak belli bir noktaya kadar gidebilir. Ama bunun ötesine geçen soruları cevaplamak istiyorsanız o zaman bilimin ötesinde olan bir şeyle düşünmeniz gerekiyor, bir yapıyla düşünmeniz gerekiyor. Bilimin ötesindeki bir kat, bir seviyeyle düşünmeniz gerekiyor. Materyalizmin ötesindeki bir seviyeyle düşünmeniz gerekiyor. Din bilimi kesinlikle engellemez, kesinlikle. Hatta en iyi bilim adamlarının, geçmişteki en iyi bilim adamlarının dindar olduğunu biliyoruz. Eğer bilimle din çelişseydi bu kişiler hem nasıl bu kadar iyi bilim adamları olup hem de dindar olabilirlerdi?

Bu bir avantaj aslında dindar olmak bilim için bir avantaj, çünkü eğer dinler olmazsanız zihninizi kapatmış oluyorsunuz ve sadece materyalist, sadece maddeyi görüyorsunuz, sadece maddeci bir şekilde bakıyorsunuz. Dolayısıyla din sizin ufkunuzu açıyor, gözlerinizi açıyor ve size değişik bakış açıları veriyor, daha büyük resmi görmenizi sağlıyor. Bunu bu şekilde düşünüyorum.